現為靜宜大學生態人文學系系主任、哲學教授兼「聖方濟生態神學與環境倫理研究室」主持人。曾教授邏輯學、當代詮釋學、西方哲學史、倫理學、生命倫理學、愛的哲學、西方自然觀念史、生態思想史、生態哲學、環境倫理學、環境正義、生態神學、動物權利、動物倫理專題研究、基督宗教思想、基督教倫理、聖方濟與基督教神學導論等。
自1984年開始，柯志明教授長年思想上帝、人性、自由、道德、真理、惡等問題。面對當前反上帝、反超越、反永生、反絕對的多元、解放、去中心的當代世俗人本主義文化，柯志明教授堅持以信仰與理性並重的古典哲學傳統思索存在、生命、真理、倫理、意義的基礎。
除哲學外，柯志明教授長期從事聖經與神學研究，1988年開始定期開研經班講解聖經迄今，於2002年與友人共同發起成立臺灣基督徒學會（Taiwan Christian Institute），2003年創辦神學期刊《獨者：臺灣基督徒思想論刊》（Solitudo: A Meditative Journal of Taiwan Christian Thought）並任總編輯。
曾任教台灣大學（2007.09-2014.06）、東海大學（2013.09-2014.06）、高雄醫學大學（1999.08-2000.07）、臺灣神學院（1991-1997, 2003）、臺南神學院（2000-2002）與中台神學院（2006-2007, 2014），同時也定期推行研讀聖經、神學經典研究以及舉辦神學營會。
2000年到靜宜大學任教後，開始逐漸形成他的生態哲學與神學思想，2005年2月正式成為靜宜大學生態人文學系（前為生態學系）專任教師後更用心於論述生態神學、生態哲學、環境倫理學與動物倫理學等思想。柯志明教授不斷強調，生態學（ecology）其實就是「家學」（oikos-logos），只有從「家」的角度才能深刻掌握生態學的意義。就此而言，在他看來，生態學根源上即是一門蘊涵深度人文性（humanity）的科學，而與其他自然科學有別。源於聖經的愛（agape）是柯志明教授論述生態思想的核心理念，他認為基督信仰所相信的那個超越又內在的上帝之愛才是自然之所以可能並有意義、價值的基礎，也是人應當並能夠善待自然之根據，因而一切生態思想與環境倫理都當建基於這個恩澤大地的愛之上。
＊柯志明教授部落格：「愛 真理 生命」
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